Gaz ziemny może być w przypadku uwolnienia przyczyną powstania mieszaniny wybuchowej, powodując tym samym ryzyko wybuchu i pożaru przy wystąpieniu zapłonu. Sposób prowadzonego magazynowania i przestrzeń złoża, do której gaz jest wtłaczany, wykluczają możliwość uwolnienia w krótkim czasie całości magazynowanego gazu i powstania zagrożenia wybuchowego lub pożaru dla okolicznej ludności.
Potencjalne zagrożenie na instalacji PMG Bonikowo jest ograniczane przez stosowane w zakładzie systemy zabezpieczeń i środki techniczne przewidziane do monitoringu i kontroli procesu zatłaczania i odbioru gazu. W przypadku rozszczelnienia instalacji systemy zabezpieczeń odcinają dopływ gazu do instalacji i odwiertów w sposób automatyczny eliminując zagrożenie.
Ponadto zakład posiada systemy detekcji gazów palnych, urządzenia i systemy ochrony przeciwpożarowej (m.in.: działka wodne, otwarty zbiornik wody przeciwpożarowej, automatyczny system gaszenia tłoczni, podręczny sprzęt gaśniczy). Prowadzony proces technologiczny jest nadzorowany przez niezależne od obsługi magazynu automatyczne systemy bezpieczeństwa, które w przypadku osiągnięcia stanów niebezpiecznych wyłączają pracę instalacji, przerywając dopływ gazu do PMG z odwiertów oraz zatrzymują proces wydobycia gazu.
W pobliżu magazynu i w odległości, na której może wystąpić oddziaływanie niebezpieczne w przypadku emisji gazu nie ma obiektów użyteczności publicznej, które mogą być narażone na bezpośrednie szkody.
W procesie zatłaczania i odbioru gazu występują również inne substancje chemiczne. Są to dodatki chemiczne stosowane w procesie wydobycia i oczyszczania gazu. Substancje te występują w ilościach nie stwarzających zagrożenia dla ludności poza obszarem zakładu.